Mejor respuesta - Elegida por la comunidad
Fui a estas dos ciudades hace bastante tiempo, `y puedo contarte lo que màs me gustò: en Arequipa, el convento, y los lugares turisticos que se pueden hacer a pie dentro de la ciudad, en las afueras, està la casa del Corregidor, el molino etc, pide informaciòn turistica en el counter del hotel para que te digan de donde debes partir, en mi caso, contratamos una agencia de las que te ofrecen los tours y nos fue muy bien. No te olvides de comer los deliciones camarones, porque Arequipa es la cuna del camaròn, te recomiendo el Gato Vitorino ( o vitoreño, no recuerdo, pero cualquier taxi conoce y te lleva), a muy buen precio y los platos son buenisimos y enormes, en cuanto al Cuzco, no puedo recomendarte buses porque me fui desde Lima en aviòn (al igual que a Arequipa, fue en temporadas diferentes), pero alli puedes ver la ciudadela de Macchu Picchu, llegas en tren y puedes pasar una noche en Aguas CAlientes, puedes subir al Huayna Picchu (espero que tengas buen fìsico, yo hago aeròbicos, pero igual me costò mucho llegar a la cima), y tambièn hacer el circuito de ruinas aledañas a la ciudad del Cuzco (pisac, Sacsayhuamàn, etc) a caballo, es una experiencia abrumadora!!!!
Espero haberte ayudado, buen viaje.