Mejor respuesta - Elegida por la comunidad
-para empezar, los hongos son eucariontes y las bacterias, procariontes.
-los hongos pueden reproducirse tanto sexual como asexualmente. Las bacterias, sólo asexualmente.
-las bacterias, al ser procariontes, no tienen organelos, mientras que los hongos, sí.
-los hongos pueden ser uni y pluricelulares, mientras que todas las bacterias son unicelulares
-el tamaño de las bacterias es mucho menor que el de hongos (no me preguntes números porque me da flojera buscar, sólo digo lo que sé xD)
-su pared celular es de quitina, mientras que la de bacterias es de peptidoglicano
-ambos pueden formar esporas cuando las condiciones no son óptimas
-ambos pueden ser útiles para la fabricación de alimentos
clasificación:
-zygomiceto (o zygomycota): son esos típicos "pelitos" que aparecen en los alimentos podridos
-basidiomiceto (o basidiomycota): son las setas. Se llaman así por tener "basidios"
-ascomiceto (o ascomycota): tienen ascas
-deuteromicetos (o deuteromycota): son unicelulares.. me sigue dando lata describirlos, pero el penicillium (el moho que ataca a las frutas podridas) es un ejemplo
-oomiceto (u oomycota): no está completamente clasificado como hongos. tienen pared celular de celulosa y corresponde a los mohos acuáticos
PD: en diferentes páginas aparecerán clasificaciones distintas... yo aprendí la que me pareció más correcta, pero no creas que es la única. El reino fungí es aún muy poco conocido, es como un estado intermedio entre protozoos y animales... en fin, te dejo la clasificación para que, teniendo sus nombres, investigues un poco más a fondo...
espero te sirva... saludos!!!